او در عین حال انتقاداتی را نیز متوجه قوه قضائیه کرد. احمدی نژاد از اين که برخي بر خلاف قانون حلقه هاي امني را براي خود ايجاد و عليه منتقدان شکايت مي‌کنند، انتقاد کرد و گفت:«فردي در مقاله خود بدون نام بردن از کسي مطلبي را درباره يک شيوه نادرست نوشته است اما مي‌گويند چون به فلان آقا خورده است بايد پيگيري شود. بالاخره مقاله مي‌نويسند که به فلان آقا بر بخورد، دردش بيايد و خود را اصلاح کند.» رییس جمهور با يادآوري يکي از آراي صادره در دادگاه مطبوعات ادامه داد: «اخيرا اتفاق عجيبي افتاد و با وجود آن که هيات منصفه با اکثريت قاطع نويسنده اين مقاله را مجرم ندانست اما قاضي برخلاف نظر هيات منصفه هفت ماه حبس تعليقي براي وي صادر کرد.»

همین سخنان بود که موجب واکنش تند و صریح رییس قوه قضائیه شد. آیت الله آملی لاریجانی تا آنجا پیش رفت که سؤال خبرنگار و پاسخ رئيس‌جمهور را از پيش طراحي شده و ناشي از تحريک محرکان و تشويق مشوشان خواند! او همچنین ضمن انتقاد از سخنان احمد نژاد ادامه داد:«توقع ‌ما از رئيس جمهور اين است که ادبياتش متين و فاخر و با تعابير جا افتاده و البته صحيح و منصفانه باشد.» بعد از این اختلاف و سخن گفتن مسئولين دو قوه از رسانه‌ها با هم بود که رهبر انقلاب وارد شدند و تذکر دادند و از آنچه كه حتي اوقات تلخي با اين مسئولين خواندند، در ديدار با دانشجويان در ماه مبارك رمضان خبر دادند.

در ماجرای مجلس و دولت نیز اختلاف نظرها درخصوص جایگاه دو قوه و حدي که مجلس می تواند در لوایح تغییر ایجاد کند و نیز تصويب قوانين و تكاليفي مانند آنچه در مسئله متروی تهران بروز پیدا کرد، موجب اختلاف نظر شد. این اختلاف نظرها به تعیین کمیته ای از سوی رهبر انقلاب منجر شد و ایشان این موضوع را به شورای نگهبان ارجاع دادند. در واقع بر اساس جزء 7 اصل 110 قانون اساسی "حل‏ اختلاف‏ و تنظيم‏ روابط قواي‏ سه‏ گانه‏" بر عهده رهبری بود و ایشان در این مورد خاص شورای نگهبان را مامور ورود به موضوع و حل و فصل اختلافات کردند.

پس از این، رهبر انقلاب در دیدار با کارگزاران نظام به مسئله لزوم ایجاد وحدت در سطوح مسئولیتی بالا اشاره کردند و فرمودند:«من روى اتحاد تكيه ميكنم. اتحاد و همدلى بين مسئولين كشور يك فريضه است. تعمد در مخالفت با آن، امروز يك خلاف شرع است؛ بخصوص در سطوح بالا. همه به اين توجه داشته باشند. دشمن از اختلافات كوچك، يك مسئله‌ى بزرگ ميخواهد بسازد؛ نبايد بگذاريد. اينجور نيست كه هر اختلافى بين دو مسئول يا بين دو دستگاه، فاجعه‌اى باشد؛ نه، بالاخره ممكن است مجلس در يك زمينه‌اى جهتگيرى‌اى داشته باشد، دولت جهتگيرى ديگرى داشته باشد، عقايدشان، سلايقشان مختلف باشد؛ اينها فاجعه نيست. اما اين اختلافات را تبديل كردن به شكافهاى غير قابل پر شدن و زخمهاى غير قابل علاج، خطاى بسيار بزرگى است.»

رهبر انقلاب به تدبیر خود درخصوص اختلاف نظرهای مجلس و دولت نیز اشاره کردند: «البته يك چيزهائى هم مستمسك قرار ميگيرد. ما حالا از چندى پيش از شوراى محترم نگهبان خواستيم جلسه‌اى را تشكيل بدهند، مواردى را كه بين دولت و مجلس محل گفتگو و مناقشه است، مشخص بكنند و حدود اختيارات قوا معلوم بشود، كه اين تفكيك قوا - كه يكى از اصول قانون اساسى است - تحقق پيدا كند. حفظ اتحاد، تمسك به اصول، رعايت كامل اصول، همان چيزى است كه امام بزرگوار ما هميشه به آن توصيه مي‌كردند.»

با وجود همه تاکیدات رهبر انقلاب و در حالی که اکنون کمیته مربوطه به فعالیت خود ادامه می دهد، مصاحبه رییس جمهور با روزنامه ایران فاز جدیدی از اختلافات را کلید زد و برخی نیز در این میان آتش بیار معرکه شدند. رییس جمهور در مصاحبه خود با اشاره به بحث استقلال قوا تصریح کرد: «بعضي‌ها استقلال قوا را فقط براي قوه مقننه و قوه قضائيه مي‌خواهند. اتفاقاً قوه مجريه، قوه اول كشور است، بعضي‌ها يك جمله حضرت امام(ره) را متعلق به زماني كه نظام ما پارلماني بوده برجسته مي‌كنند، آن‌زمان رئيس‌جمهور مسئول اداره كشور نبوده بلكه نخست‌وزير مسئول اداره كشور بوده كه از طريق مجلس انتخاب مي‌شده است. آن موقع مجلس بالا‌ترين بود. اكنون در قانون اساسي قوه مجريه بار اصلي اداره كشور را بر دوش دارد و قواي ديگر بايد كمكش كنند. ضمن اين‌كه در قوه مجريه، جايگاهي است به‌نام رياست جمهوري. رئيس جمهوري علاوه بر اين‌كه رئيس جمهور هست، رئيس دولت هم هست. رئيس جمهور بعد از رهبري بالاترين مقام كشور است، رئيس جمهور مجري قانون اساسي هم هست، اين ديگر به استقلال قوا ربطي ندارد. مردم رأي مستقيم مي‌دهند، رئيس‌جمهور كه انتخاب مي‌شود، رئيس دولت است، رئيس قوه مجريه است، اين يك قوه مستقل است. علاوه بر اين‌ها رئيس‌جمهور مجري قانون اساسي هم است، مسئول امور اداري، برنامه، بودجه و استخدامي كشور شخص رئيس جمهور است. يعني ساير قوا هم اگر بخواهند كار برنامه، بودجه، استخدامي و اداري داشته باشند، مسئولش رئيس‌جمهور است. معناي اين موضوع، دخالت در قوا و نقض استقلال قوا نيست.»

فارغ از آنکه شرایط اداره كشور پس از بازنگري قانون اساسی در سال 68 به چه شکل رقم خورده است، به نظر می رسد جای طرح مواضعی از این دست و تعيين تكليف حدود و اختيارات قوا در كارگروه مشترك دولت، مجلس و شورای نگهبان باشد نه رسانه های عمومی. اگر چه بار اصلی اجرا در کشور بر عهده رییس جمهور است، اما امام و رهبری هر دو بر جایگاه مجلس شورای اسلامی و در رأس بودن آن تاکید داشته اند. به نظر می رسد اگر در تفسیر و تعبیر در رأس بودن مجلس شائبه ای وجود دارد، حداقل جای طرح این شائبه در شرایطی که رهبری به وحدت امر می کنند، رسانه های عمومی نیست.

اظهارات احمدی نژاد در این مصاحبه تفصیلی کافی بود تا از یک سو برخی چهره های مجلس، به مسائلی از این دست واکنش نشان دهند و از سوی دیگر برخی دیگر نیز که فرصت را مغتنم می دیدند، مانند گذشته بر طبل دعوا و اختلاف بكوبند. پیش از این رهبر انقلاب با اشاره به فضای رسانه ای کشور فرموده بودند: «بعضى‌ها آتش‌افروزى‌هاى سياسى و جناحى ميكنند. عده‌اى كأنه براى اين كار مأموريت دارند. من مى‌بينم در داخل كشور خودمان كه يك عده‌اى ميخواهند اصلاً عناصر گوناگون را، جناحهاى مختلف را، افرادى از هر يك از جناحها را به جان هم بيندازند و اختلاف ايجاد كنند؛ كأنه اصلاً از آتش‌افروزى خوششان مى‌آيد؛ اين خلاف تقواست. تقوا اين است: اطفاء النّائرة. همچنان كه در يك محيط مادى و فضاى مادى، شما يك آتش‌افروزى را اطفاء ميكنيد، بايد در فضاى انسانى و معنوى و اخلاقى هم آتش‌سوزى‌ها را مهار و اطفاء كنيد.»

بعد از سخنان احمدی نژاد، لاریجانی نیز در مقام ریاست قوه مقننه از جایگاه مجلس و دولت سخن گفت. او که براي افتتاح يك پروژه شهري به اصفهان رفته بود، بخش عمده‌اي از اظهارات خود را به پاسخ به مصاحبه رئيس‌جمهور اختصاص داد و گفت: «باز این روزها درباره اینکه مجلس در راس امور نیست صحبت هایی شده و بیان شده که امام (ره)، زمانی این را فرمودند که ریاست جمهوری شرایط امروز را نداشته و مملکت جنبه پارلمانی داشته است. این حرف واقعی نیست. وقتی کشوری پارلمانی باشد رئیس جمهور هم باید از درون پارلمان بیرون آید اما اگر رئیس جمهور را مردم انتخاب کردند، مجلس را هم مردم انتخاب کردند یعنی دو رکن وجود دارد که هر دو محترم هستند.»

لاریجانی افزود: «اینکه امام (ره) فرمودند مجلس در راس امور است برای این است که قوه مجریه قوه مهمی است. قدرت زیادی دارد و مردم وکلایی انتخاب می کنند که از آن نگهبانی کند. مبادا دولت از مسیر درست منحرف شود و مبادا به حقوق ملت تجاوز شود. اتفاقا در قانون اساسی قبلی اختیارات رئیس جمهور در برخی بندها بیشتر از امروز بود. همان زمان هم رئیس جمهور اصل بود و قوه مجریه قوه مستقل بود و امروز هم اینگونه است.»

لاريجاني در بخش ديگري از اظهاراتش نيز به‌طور تفصيلي به موضوع منشور كوروش و سخنان مقام‌هاي ارشد دولت در مورد آن پرداخت تا نشان دهد دفاع از شأن مجلس تنها مسئله‌اي نيست كه براي وي موضوعيت دارد و علي‌رغم تأكيد رهبر انقلاب در مورد اصلي- فرعي كردن مسائل، رئيس مجلس علاقمند است كه به‌طور مبسوط به موضوعات اينچنين نيز بپردازد و براي اين كار از سخنراني در افتتاحيه يك پروژه شهري اصفهان هم نمي‌گذرد.

با اين حال، در شرایطي كه نشانه‌هاي آشكاري از طرح "قانون‌شكن" و "وحدت‌شكن" نمايي دولت و شخص رئيس‌جمهور از سوي برخي گروه‌ها، افراد و رسانه‌ها ديده مي‌شود، طرح اظهارنظرهايي كه اين پازل را تكميل مي‌كند، از سوي رئيس قوه مجريه منطقي نيست.